針對不同的主板廠商所提供的支持SATA的芯片組不同，因此設置方法也不盡相同。這里我們以INTEL ICH5、ICH5R、ICH6、ICH6R芯片組為主做一下重點介紹。對不同芯片組不同的設置方法我們可以參考主板的說明書進行設置。
一、Intel系列芯片組主板的設置
以ICH5、ICH5R、ICH6、ICH6R為代表的Intel南橋芯片支持SATA，目前的i865、i875及i915、i925系列等芯片組都提供了對SATA的支持。我們對以下幾種情況的設置進行詳解。
<1>1個PATA硬盤+1個SATA硬盤+1個光驅,將SATA硬盤做為系統盤的設置方法：
首先我們對主板與硬盤、光驅的物理連接做以下設置：
1、將主板上IDE2接口與PATA硬盤進行連接，注意數據線兩端的“Master”端分別連接硬盤與主板，并將PATA硬盤的跳線設置為默認（主盤），連接好電源線；
2、將SATA硬盤的數據接口與主板上SATA1接口進行連接，連接好電源線；
3、將光驅的跳線設置為“從盤”，并與連接硬盤與主板數據線的“Slave”端進行連接，接好電源線。
通過以上設置，我們便完成了主板、光驅、兩個硬盤的連接過程。接下來開機，按DEL鍵進入主板的BIOS設置項，進行設置，設置過程如下：
1、選擇并進入“Integrated Peripherals”設置窗口，進入“OnChip IDE Device”設置畫面。在該畫面中，除了將“IDE HDD Block Mode”、“On-Chip Primary PCI IDE”、“On-Chip Secondary PCI IDE”三個選項設置為“Enabled”外，其他8個選項全部設置為“Auto"。
2、將光標移動到窗口下方的“On-Chip Serial ATA”選項上按回車鍵，然后在彈出的窗口中選中“Combined Mode”后按回車鍵;
3、將光標移動到“Serial ATA Port0 Mode”上按回車鍵，在彈出的窗口中選中“Primary Master”并回車。此時“On-Chip Serial ATA”和“Serial ATA Port0 Mode”選項的設置分別為“Combined Mode”和“Primary Master"。
4、按“F10”鍵保存BIOS設置，按“Y”鍵保存并退出。
以上設置完成后，電腦自動重啟。重新啟動電腦后，再次按“DEL”鍵進入BIOS，在“Standard CMOS Features”窗口我們看到，SATA硬盤占據了“IDE Channel 0 Master”通道，而PATA硬盤則占據了“IDE Channel 1 Master”通道，光驅占據“IDE Channel 1 Slave”通道。
經過以上設置后，SATA硬盤的優先級就會高于PATA硬盤，我們便可以使用SATA硬盤安裝系統。系統的安裝過程完全像單獨使用PATA硬盤一樣。
如果有些用戶不想將SATA硬盤作為系統盤，而想把操作系統安裝在PATA硬盤上，則可以在BIOS中將PATA硬盤的啟動優先級提高：
1、進入“Advanced BIOS Features”窗口，選擇“Hard Disk Boot Priority”并進入硬盤啟動優先順序設置窗口。
2、在該窗口中，默認是SATA硬盤排在PATA硬盤的前面，此時可以選中PATA硬盤，然后按“Page Up”鍵，使PATA硬盤排在SATA硬盤的前面。
最后保存BIOS設置并重新啟動電腦，這樣PATA硬盤的第一個分區在DOS下便成了“C”盤。
有些用戶有多個光驅，如DVD-ROM和DVD刻錄機，這種情況下，如何同時使用雙光驅呢，我們可以做以下設置。
<2>1個PATA硬盤+1個SATA硬盤+2個光驅的設置方法
首先，硬盤、光驅的物理安裝過程需要進行一下改變。
1、將SATA硬盤的數據線連接到主板的“SATA1”接口中；
2、將PATA硬盤設置為“從盤”，然后用1根IDE數據線將它連接到主板的“IDE1”接口上；
3、將兩個光驅分別設置為“主盤”和“從盤”，然后利用一根IDE數據線將這兩個光驅連接到主板的“IDE2”接口上。
注意，在連接硬盤及光驅的時候，要注意數據線端口的選擇。
設備安裝好以后，我們再來進行一下BIOS中的設置，設置過程如下：
1、選擇并進入“Integrated Peripherals”設置窗口，進入“OnChip IDE Device”設置畫面。在該畫面中，除了將“IDE HDD Block Mode”、“On-Chip Primary PCI IDE”、“On-Chip Secondary PCI IDE”三個選項設置為“Enabled”外，其他8個選項全部設置為“Auto"。
2、將光標移動到窗口下方的“On-Chip Serial ATA”選項上按回車鍵，然后在彈出的窗口中選中“Enhanced Mode”后按回車鍵;
3、將光標移動到“Serial ATA Port0 Mode”上按回車鍵，在彈出的窗口中選中“SATA0 Master”并回車。此時“On-Chip Serial ATA”和“Serial ATA Port0 Mode”選項的設置分別為“Enhanced Mode”和“SATA0 Master”。
4、按“F10”鍵保存BIOS設置，按“Y”鍵保存并退出。
重新啟動電腦，再次進入BIOS的“Standard CMOS Features”窗口就會發現，此時共有6個IDE設備通道，其中PATA硬盤占據了“IDE Channel 0 Slave”通道，而兩個光驅分別占據了“IDE Channel 1 Master”與“IDE Channel 1 Slave”通道，SATA硬盤占據了“IDE Channel 2 Master”通道.
經過以上設置后，PATA硬盤的優先級比SATA硬盤的高。我們便可以將PATA硬盤做為系統盤安裝系統。
如果想把SATA硬盤作為第一啟動盤，則可以在“Hard Disk Boot Priority”窗口中將SATA硬盤排在PATA硬盤的前面。
此外，我們在設置“On-Chip Serial ATA Setting”選項時，也可以將“On-Chip Serial ATA”設置為“Auto”，由主板自動根據設備的多少及連接位置來選擇SATA工作模式。
二、VIA系列芯片組主板ＢＩＯＳ的設置
VIA的VT8237芯片組也提供了對SATA硬盤的支持，在一些采用PT880、KT880、KT800等芯片組的主板上，采用的往往就是VT8237南橋。
如果主板采用的是VT8237芯片組，那么設置起來會更加的簡單，特別是主板的BIOS設置，與INTEL芯片組的ICH5/5R差不多。
物理安裝方面，我們還是采用上述INTEL芯片組的安裝方法即可。
在BIOS設置中，我們按上述的方法設置好以后，還要在主板的BIOS中找到“SATA”或“Serial ATA”字樣的選項，將它設置為“Enabled”或“Auto”即可。
三、第三方芯片的主板ＢＩＯＳ的設置
很多主板芯片組的南橋并不支持SATA，因此主板廠商便會通過板載第三方的SATA控制芯片來提供對SATA的支持。目前使用比較多的第三方控制芯片，主要有Silicon Image公司的Sil3114與Sil3112、Promise公司的PDC20376、SiS公司的SiS180、VIA公司的VT6420等。
對于采用第三方SATA控制芯片的主板而言，由于其傳輸通道并不占用傳統的IDE通道，因此無須過多考慮設備的主從關系。也就是說，SATA硬盤只管接在SATA接口上即可，至于PATA硬盤及光驅，可以享用IDE1、IDE 2兩個接口(即4個IDE傳輸通道)。
由于不同主板廠商所用的第三方SATA控制芯片不盡相同，因此要想在BIOS中打開SATA功能，其選項名稱也各不一樣。不過有一點相同的是，該選項一般都在“Integrated Peripherals”設置窗口中。用戶只需在此設置窗口中查找帶“Serial ATA”、“SATA”字樣或與SATA控制芯片廠商名相同的選項就對了。
而更多的廠商是在BIOS設置中添加了諸如“Serial ATA Controller”、“Serial ATA Setting”這樣的選項，只需將它們設置為“Enabled”即可。
為方便用戶，我們這里再簡單說一下雙SATA和雙PATA硬盤的安裝
雙PATA硬盤：如果你有兩個PATA硬盤和一個或兩個光驅，因為目前主板只支持四個IDE通道，因此我們只能安裝四個IDE設備。設置如下：
1、將兩塊硬盤分別設置為主盤和從盤，光驅也進行相關設置。
2、將設置為主盤的硬盤連接到IDE數據線的“Master”端，從盤連接到“Slave”端，并將數據線連接到主板的IDE1.
3、將將設置為主盤的光驅連接到IDE數據線的“Master”端，從盤連接到“Slave”端，并將數據線連接到主板的IDE2.
雙SATA硬盤的安裝
如果兩塊硬盤都是SATA接口的，那么它們的安裝更加簡單，只要利用SATA硬盤數據線將兩個SATA硬盤分別連接到SATA1、SATA2接口即可。至于光驅，建議利用IDE數據線將它連接到主板的IDE 2接口上。如果是一個光驅，則一個光驅獨占IDE2；如果兩個光驅，則分別設置為主盤、從盤，然后用一根IDE數據線將它們連接到IDE2上。物理連接好之后，在BIOS中打開SATA控制器即可。具體的設置方法可參考上面介紹的方法，或者查閱主板說明書。