Windows中附帶的“磁盤碎片整理程序”就是用來整理文件碎片的工具，不過這個程序使用的時候速度很慢，如何才能快速有效的進行磁盤碎片整理呢？只要能注意以下十個問題就可以加快磁盤整理的速度：
1、硬盤的分區要合理
硬盤的分區也是一門藝術，能考察一個人管理和分類能力，千萬不要小看它。隨著大容量硬盤的普及和信息爆炸，好的分區能方法幫助我們方便的管理文件。一般建議在不影響使用的情況下，多分幾個區，千萬不要一個C盤就占30G，這樣的話整理一次硬盤就要等好久，而且產生碎片的速度也很快。一個分區越大，讀寫它的概率也越高，也就越容易亂。一般C盤可以分的小一點，2G左右，整理起來也方便一些；還要留一個1G左右的分區用來單獨裝虛擬內存交換文件和IE臨時文件夾等。其他的分區可以是大家自己分配，但是一個分區不宜大于10G，否則整理碎片的時候就只有睡覺了。
2、硬盤上的文件按照大小，類別分不同的區存放
可以猜想一個600M的文件要拷入滿是幾K大小的文件的分區，一定會被分成很多碎片，這對于大文件的讀取是很不利的。所以要搞幾個分區專門存放影片，虛擬光盤等大文件。按照類別存放的意思是，假如這個分區用來裝應用軟件，那不要用它裝做為存檔文件。這樣做不僅為了防止誤刪，還因壽命較長的文件放在一個分區，一般只向里面添加文件而不刪除，不會有碎片產生。
3、被整理的磁盤分區要有一個比較大的比較連續的空白位置，用來中轉文件數據
根據磁盤整理程序工作原理，這個區域是用來臨時存放數據的，如果過小，導致硬盤總是一小塊一小塊的騰出空間，而且會導致尋道的頻繁。
4、如果要整理的分區實在太亂，可以把它的內容全部拷貝出來，格式化該分區，然后再將其拷貝回去。
5、對于幾個特殊文件和文件夾要特殊照顧
磁盤碎片的產生來自與不斷的改變文件，一會兒刪除一會兒新增。那Windows的虛擬內存交換文件，win386.swp就是我們要照顧的重點對象之一。它既能一會變大變小的造成其他文件產生碎片，又因為其他文件的影響而不連續存放，從而使得系統在用虛擬內存的時候慢的很（又是矛盾！）。所以我們要盡量把它放在一個單獨的分區，或者干脆設置它的大小為500M這樣的比較大的數值（在“控制面板→系統→性能→虛擬內存”中更改，）。這樣一來，它的大小一般不改變，不容易產生碎片。
另外，更加值得重視的又是大家常常忽視的一個文件夾是IE的臨時文件夾。IE的臨時文件夾存放著上網的瀏覽過的網頁、網站的圖片，Cookie等小文件。這些文件很小，往往只占一個簇，但是數量很大。而且這些文件常常不斷的增減，是造成C盤文件碎片的主要原因。所以強烈建議將它放到其它的一個專門的分區中，在IE的“工具→Internet選項→Internet臨時文件→設置”里可以更改它的位置，和占用磁盤的多少。其他類似的文件夾還有Windows下的Temp文件夾，它是很多軟件臨時存放解壓縮文件的區域，里面的內容也常常改變。要改變它的位置可以在Autoexec.bat中加入語句“set temp=G:\Temp”（“G:\Temp”是按照我的硬盤為例，大家可以放置在其他目錄）。
6、運行Defrag的時候盡量不要運行其他程序，關閉一切不必要窗口
運行其他程序，既會使盤上多出幾處“不可移動的數據”，而造成整理的不完全；還會互相拖滿的速度。一般的PC都是用IDE硬盤，而IDE的讀寫是很耗費CPU資源的，不相信大家可以在拷貝文件的時候打開系統監視器，CPU的占用率肯定在100%。這就可以想象整理硬盤的時候打開其他程序，速度一定會互相影響。
7、不要在整理磁盤時進行寫操作
由于磁盤碎片整理需要有一個相對穩定的磁盤環境，在此過程中最好不要從事其它任何磁盤寫操作，否則磁盤碎片整理程序會因為磁盤存儲情況發生變化而重新啟動整理，這就會嚴重影響磁盤碎片整理的速度。為此，首先建議大家在計算機空閑時進行磁盤碎片整理，并在整理時不從事其它任何操作，以免影響碎片整理的正常運行。但有一點經常被忽視，這就是屏幕保護會和我們搗亂。如果在進行磁盤碎片整理時，不從事任何其它操作，那么系統會自動啟動屏幕保護程序，而它的啟動又必然會影響磁盤有存儲狀況，這反過來會影響磁盤碎片整理之前關閉屏幕保護功能。
8、防止其它內存駐留程序對磁盤碎片整理的影響
在Windows運行之后，總是會有一些程序駐留在內存中，比如防病毒程序、計劃任務調度以及其它的一些程序，這些程序會占用一些系統內存，使得Windows不能開動全部的馬力來進行磁盤碎片整理，而且還有可能被自動激活（比如防病毒軟件檢測到某個文件被病毒感染），這樣當然會影響整理的速度了。因此，我們必須將這些駐留內存的程序關閉。
一方面可以按下“Ctrl+Alt+Del”組合按鍵將這些駐留內存文件強行關閉；再者可以重新啟動Windows，并在剛剛顯示出桌面時按下“Ctrl”按鍵不放，這樣系統就會跳過啟動程序組中的所有程序，讓內存保持在一個相對比較干凈的狀態，然后再進行磁盤碎片整理即可。
9、自定義碎片整理程序文件優化功能
在Windows進行磁盤碎片整理時有個規律，系統會自動判斷哪些程序和文件被調用的次數最多，然后將這些程序和文件移動到磁盤的最前列，這樣在整理完磁盤碎片之后運行這些程序就會發現速度快了許多。但實際上考慮到現在計算機的配置都很高，調用大型文件最多只要幾秒鐘時間，而在磁盤碎片整理的時候則需要比較長的時間，因此如果能取消Windows這個自作主張的文件優化功能就可以節約不少時間。
原來Windows在運行過程中會對有關應用程序的運行次數進行監聽和記錄，并將它們的運行情況逐一記錄下來。在進行磁盤碎片整理時，系統就會按照這個調用應用程序記錄來完成程序文件優化。具體來說，Windows對每個應用程序的調用情況都保存在Windows目錄中的Applog文件夾中（該文件夾為隱藏屬性，事先需要調整文件顯示狀態為“顯示所有文件”），每個應用程序對應一個記錄文件，其記錄文件的文件名就是應用程序的程序名，記錄文件的擴展名為lg＋“應用程序所在盤符”。比如程序保存在C盤上，則記錄文件擴展名就是lgc，若應用程序在D盤上，則記錄文件的擴展名就是lgd，像C盤上Winword.exe文件的記錄文件就是winword.lgc、E盤上acdsee.exe文件的記錄文件就是acdsee.lge。知道這個信息之后，只要對這些文件進行適當處理即可取消磁盤碎片整理時的優化。
例如我們在C盤安裝了Winamp播放器，但是在實際使用到的機會并不多，那么就可以取消系統對Winamp的啟動速度進行優化，而此時所要做的僅僅是將Applog文件夾下的winamp.lgc文件刪除即可。如果要最大程度的縮短磁盤碎片整理的時間，那就毫不猶豫地將這個文件夾中的文件全部Del吧！
10、注意電源問題
整理了一半斷電，雖說按照上面的原理也許不會丟失數據，但是硬盤在繁忙工作的時候突然斷電對它的損害是比較大的。
只要能注意以上十點，那么你的磁盤整理速度和最終的效果將會大幅提升。